Futsal Boys menceritakan tentang seorang anak laki-laki bernama Haru Yamato yang bercita-cita menjadi pemain futsal profesional. Keinginan Haru untuk menjadi salah satu pemain futsal adalah ketika dirinya selesai menyaksikan pertandingan Futsal U-18. Ia tertarik dengan kemampuan dan popularitas seorang atlet futsal asal Jepang bernama Tokinari Tennji. Haru pun lantas memutuskan untuk menimba ilmu di Koyo Academy High School.